Cuando instalas el juego (o reinstalas) se descarga automáticamente una JVM en la carpeta de instalación. Mientras esa JVM está allí, el launcher.exe ejecuta el pirategalaxy.jar con esa versión, que no es la última pero sí la que se usó para programarlo. Si quieres usar una versión posterior de Java, sobre todo la más actualizada, después de instalarla debes borrar la carpeta JVM que viene con el juego para que el launcher use la que tienes instalada en Windows.